Nascut al si d’una família benestant i manyà de professió, va participar en la fundació del Sindicat del Metall de Berga.
Afiliat a la CNT des de 1936, fundà la Federació Local de Sindicats i les Joventuts Llibertàries de Berga. Membre del Comitè de Milícies Antifeixistes local, integrà la columna Terra i Llibertat, de la qual no acceptà la militarització. Un cop finalitzada la Guerra Civil s’exilià a França, on -juntament amb la família de la seva dona- participà en les xarxes d’evasió a través de la frontera i on s’integrà en la resistència contra l’ocupació alemanya.
Després de realitzar diversos viatges clandestins a Espanya evacuant aviadors de les forces aliades i de ser internat durant un temps al camp de càstig de Récébédou, fou detingut a Tolosa de Llenguadoc -juntament amb el seu sogre, el seu cunyat i la seva dona-, fou sotmès a tortures, va passar per diferents presons i camps de concentració i, finalment, va ser deportat a Mauthausen, on moriria el seu sogre i on es retrobaria amb la seva dona, que hi va ingressar procedent de Ravensbrück. A Mauthausen Josep Ester va dirigir la resistència clandestina i aconseguí disposar d’armes per a la pròpia defensa dels interns. Evacuats per la Creu Roja, ell i la seva dona -que havien perdut el rastre de la seva filla- aconseguiren arribar a Suïssa i més endavant a França.
Finalitzada la II Guerra Mundial, després de recuperar-se a l’hospital de Neuilly, fou nomenat delegat dels refugiats espanyols davant el govern francès. L’any 1945 intervingué en la fundació de la Federació Espanyola de Deportats i Internats Polítics (FEDIP), entitat de què fou secretari general i que posà a disposició de Carme Ballester per gestionar la seva sol·licitud d’indemnització.
Soci de l’Agrupació de Berguedans a l’Exili i membre de la Secretaria d’Organització de la CNT, fou condecorat pels governs francès, britànic i nord-americà. Josep Ester va intervenir activament per evitar l’extradició del maquis Valentí Massana a l’Espanya de Franco i mantingué contactes amb revolucionaris iugoslaus. Després de rebre diversos homenatges públics, morí al Gard (França), on passà els últims anys de la seva vida.